近日，大內存軟件的先鋒MemVerge和單細胞基因研究的領導者百奧智匯聯合宣布，雙方成功利用大內存技術加快了單細胞核糖核酸測序（scRNA-seq）分析的時間。與傳統的基于DRAM的解決方案相比，由英特爾? Optane?持久內存（PMEM）和MemVerge Memory Machine軟件組成的尖端的解決方案讓scRNA-seq的加載時間快了800倍，讓某些計算階段的執行速度提高了25倍。

科學家正依靠基因組測序來識別新的SARS-CoV-2變種，并了解它們將如何影響健康。2月17日，白宮宣布國家疾病控制和預防中心（CDC）將投資近2億美元，通過基因組測序來識別、跟蹤和緩解最新出現的SARS-COV-2病毒株。

“單細胞核糖核酸測序是推動癌癥和COVID-19研究進展的關鍵基礎研究方法之一。我們很自豪能以最先進的單細胞分析工具引領世界”，百奧智匯生物信息業務主管Chris Kang說?！癕emVerge 和英特爾開發的大內存平臺加快了我們的工作流程，幫助我們更快地生成結果，這將對未來更好地認知疾病，提高醫療水平帶來更多有效的方法?！?/p>

單細胞核糖核酸測序分析是一個包含多個大規模數據處理步驟的過程。長時間運行的過程屬于計算密集型，對內存資源具有很高的要求。計算時會使用非常大的矩陣，這需要適配內存的容量，同時中間階段的計算結果必須保存和重新加載到其他階段，這都造成了存儲和恢復的瓶頸。此外，該過程有許多階段還必須重復調整參數。

來自MemVerge的Memory Machine軟件解決了這些內存資源問題。其ZeroIO?內存快照功能消除了存儲IO瓶頸，可顯著縮短執行整個scRNA-seq分析的總體時間。使用下一代測序技術衍生出的大型矩陣的其他生物信息學分析，也可以用大內存軟件來進行加速。

MemVerge首席執行官范承工博士表示：“到目前為止，內存基礎設施還沒有存儲方面可行的替代方案可供基因組測序使用。大內存以極低的成本提供與DRAM相同的高性能，并且具有復雜數據傳遞途徑所需的持久性和敏捷性。”

scRNA-seq測試結果

以使用純DRAM完成基于R語言的工具的完整分析作為基準線；再使用Memory Machine軟件和DRAM加PMEM組合的內存池重復進行相同分析。測試表明，使用Memory Machine的執行速度快了25倍，所有階段總計節省了60%的執行時間。

測試還顯示，使用Memory Machine后，數據加載時間加快了800倍。

更大的內存容量允許更多的任務并行運行，并輕松回滾已運行假設的場景。這些優勢加上更快的執行時間，使每臺服務器的項目吞吐量增加了10倍。

關于百奧智匯

北京百奧智匯科技有限公司是一家具有全球視野的生物技術企業，公司具備國際前沿的單細胞測序技術，開發了快速、高效的單細胞組學分析方法，建立了國際上最大規模的單細胞組學數據庫和交互性單細胞數據展示平臺，擁有多項單細胞生物信息技術專利。百奧智匯致力于單細胞基因組學和生物信息學在人類疾病診斷和治療上的應用，發現新的治療和診斷靶標、創新治療策略，創建人類疾病的精準圖譜。通過應用和挖掘人類單細胞疾病圖譜，百奧智匯將成為新時代新藥研發的發動機。

關于MemVerge

持久內存的出現正在引發大內存計算的新時代，其中任何規模的應用程序都可以放棄傳統存儲，轉而使用豐富、持久和高度可用的內存池。MemVerge的Memory Machine?軟件通過虛擬化DRAM和持久內存來形成企業級內存數據服務平臺，使這一切成為了可能。要了解有關MemVerge的更多信息，請訪問www.memverge.com。

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